Das Bauensemble des Meinhardinums zeigt auch seine Geschichte:
Die „Alte Mühle“, der große Baukörper im Hintergrund, ist der älteste Teil der Schule. Die Außenwände wurden im Spätmittelalter, also lang vor den großen Stiftstürmen, errichtet.
Der Verwaltungstrakt schließt sich an und quer dazu liegt der Chemie/Physik-Trakt. Diese Teile der Schule sind seit 1986 in Verwendung.
1995 wurden der anschließende „Mittelbau“ und die im Bild nicht sichtbare große Dreifach-Sporthalle errichtet. Die Sporthalle ist fast unsichtbar im Boden versenkt. Von der Schule aus ist die Halle über die Zentralgarderobe direkt zu erreichen.
Seit 2015 gibt es den quaderförmigen Neubau und den neuen Pausenhof. Von den Biologiesälen erkennt man nur die Lichtkuppeln auf der Wiese. Dieser Baukörper ist so abgesenkt, dass er die freie Sicht auf die Stiftstürme nicht verstellt.
Aus der 1949 gegründeten Maturaschule (später Aufbaurealgymnasium) und der 1981 eröffneten gymnasialen Langform, die beide bis 1985 noch im Stiftsgebäude untergebracht waren, ist in den letzten Jahrzehnten eine moderne Schule in einer ansprechenden und lernfreundlichen Umgebung geworden.
Die Bezeichnung „Meinhardinum“ geht auf einen Vorschlag des damaligen Landeshauptmanns Eduard Wallnöfer zurück.